no template named 'auto_ptr' in namespace 'std'
-std=c++11 で auto_ptr が廃止された問題。
ClusterSequence.hh にも記述がある通り、これを使用しない方向でコンパイルさせれば良いので、config_auto.h 内
/* compile the deprecated parts of the interface using auto-ptr */
#ifndef FASTJET_HAVE_AUTO_PTR_INTERFACE
/* #define FASTJET_HAVE_AUTO_PTR_INTERFACE */
#endifのように該当箇所をコメントアウト。